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为助力深圳构建起集医疗服务、医学教育、科研创新、健康产业为一体的综合性医学高地，推进高水平医学科技自立自强，南方医科大学深圳医院作为深圳医疗卫生三名工程首个落地名院项目，一直以来致力于推动医学科技创新与成果转化，建成有1个省工程技术研究中心（骨科中心），3个市重点实验室（深圳市病毒肿瘤学重点实验室、数字外科3D打印重点实验室、深圳市胃肠道微生态与疾病重点实验室），2个工程研究中心（深圳市肠菌移植工程研究中心、深圳市医用3D打印材料转化应用工程研究中心），1个深圳市消化系统疾病临床医学研究中心。